V súvislosti s blížiacim sa termínom ukončenia programového obdobia 2007 - 2013 a vypracovania základných dokumentov k ukončeniu operačného programu (záverečná žiadosť o platbu, záverečná správa o vykonávaní operačného programu a záverečné vyhlásenie o ukončení pomoci operačného programu), certifikačný orgán vypracoval pre zodpovedné subjekty akčný plán na včasné vykonanie revízie a aktualizácie dát v informačných systémoch, dokumentov a dokladov administrovaných k nezrovnalostiam a vratkám k ukončeniu operačného programu v rámci programového obdobia 2007 - 2013 (ďalej aj „akčný plán k nezrovnalostiam“) v rozsahu vecnej pôsobnosti a určených zodpovedností dotknutých subjektov podľa podmienok legislatívy EÚ alebo SR a podľa metodických postupov schválených a platných na národnej úrovni.
Vo všeobecnosti oblasť nezrovnalostí a vysporiadania finančných vzťahov predstavuje pomerne komplexnú problematiku a zasahuje prierezovo do procesov a výkonu činností všetkých vyššie uvedených orgánov na národnej úrovni. Okrem týchto orgánov vstupujú do procesu administrácie nezrovnalostí aj ďalšie národné orgány (najmä správne a súdne orgány), ktoré svojimi závermi a rozhodnutiami priamo ovplyvňujú riešenie nezrovnalostí a finančné dôsledky pre dlžníkov na národnej úrovni, ako aj finančné vysporiadanie medzi SR a rozpočtom EÚ prostredníctvom vykonania finančných opráv v operačnom programe. Objem alokácie záväzkov z rozpočtu EÚ pre SR v programovom období 2007 - 2013 v objeme takmer 11,5 mld. EUR, zodpovedajúci podiel neoprávnených výdavkov, počet nezrovnalostí, rozsah údajovej základne a v konečnom dôsledku aj komplexnosť samotnej problematiky si vyžaduje včasné zahájenie výkonu konkrétnych aktivít pre každý operačný program osobitne a viacúrovňový režim revízie a konsolidácie údajov nezrovnalostí a vratiek z úrovne zodpovedných subjektov, ktoré zisťujú a evidujú nezrovnalosti v ITMS, s cieľom dostatočnej prípravy finálnych údajov v informačných systémoch a v dokumentácii, ktoré vstupujú do záverečnej dokumentácie za každý operačný program.
V súvislosti s vyššie uvedeným certifikačný orgán na základe doterajších skúseností v oblasti nezrovnalostí a vratiek, ako aj na základe záverov a odporúčaní auditu EK č. DG EMPL:2014 - 1832 a DG REGIO:2014/SK/REGIO/C4/1397/1 „Audit vymáhania prostriedkov„ vykonaného na úrovni CO, OA a RO v októbri 2014 v rámci 4 operačných programov (Operačný program Zamestnanosť a sociálna inklúzia, Operačný program Vzdelávanie, Regionálny operačný program, Operačný program Konkurencieschopnosť a hospodársky rast), vykonal analýzu aktuálneho stavu dát nezrovnalostí a vratiek v ITMS a identifikoval najčastejšie opakujúce sa chyby a nedostatky v administrácii nezrovnalostí a vratiek, ktoré sú zhrnuté v akčnom pláne k nezrovnalostiam.