Postup štátnej rozpočtovej organizácie (konečný prijímateľ) uplatňovaný pri systéme refundácie v rámci projektov štrukturálnych fondov
Uvedený postup aplikuje konečný prijímateľ (štátna rozpočtová organizácia), ktorému sú na základe zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku poskytnuté prostriedky z platobnej jednotky zo zdrojov ES a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na refundáciu realizovaných výdavkov.
Predpoklad:
Konečný prijímateľ (štátna rozpočtová organizácia) má okrem primárneho bežného výdavkového účtu otvorený v Štátnej pokladnici aj samostatný výdavkový účet pre prostriedky ES a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu, ktorý slúži na refundáciu realizovaných výdavkov.
Metodické usmernenie:
Postup pri refundácii realizovaných výdavkov štátnej rozpočtovej organizácie vychádza z Metodického usmernenia Štátnej pokladnice č. 15/2004 zo dňa 30.8.2004. Uvedené usmernenie je zverejnené na stránke Štátnej pokladnice.
Postup refundácie je zároveň popísaný aj v Používateľskej príručke pre klientov Štátnej pokladnice (vo verzii príručky 1.24 je postup na strane 202).
Postup:
1. Pri všetkých projektoch podporovaných zo štrukturálnych fondov sa konečný prijímateľ (štátna rozpočtová organizácia) zaradí po podpise zmluvy (najneskôr však pred vykonaním prvej platby) za účastníka programu v rámci programového rozpočtovania, v ktorom sú prostriedky ES a prostriedky štátneho rozpočtu na spolufinancovanie rozpočtované na platobnej jednotke. 2. Na základe žiadosti KP o platbu prevedie platobná jednotka rozpočtovým opatrením prostriedky zo zdrojov ES a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu na konečného prijímateľa (štátnu rozpočtovú organizáciu).
3. Konečný prijímateľ si prevedie prostriedky obdržané rozpočtovým opatrením zo samostatného výdavkového účtu pre prostriedky ES a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu na svoj primárny výdavkový účet štátnej rozpočtovej organizácie. V prípade, že nemá uvedenú platbu zahrnutú do 3-mesačného finančného plánu, je potrebné vykonať dohodu so Štátnou pokladnicou. Nasledovný postup popisuje dohodu so Štátnou pokladnicou, vytvorenie žiadosti o vstup do záväzku a žiadosti o realizáciu platby.
4. Vytvorenie dohody so Štátnou pokladnicou v zmysle Metodického usmernenia Štátnej pokladnice č. 8/2004 zo dňa 11.5.2004. Žiadosť musí okrem povinných náležitostí obsahovať sumu, ktorá je súčtom už odsúhlasenej sumy trojmesačného finančného plánu v uvedenom týždni a požadovanej sumy finančných prostriedkov v príslušnej rozpočtovej klasifikácii. 
5. Doplnenie 3-mesačného finančného plánu k samostatnému výdavkovému účtu príslušnej štátnej rozpočtovej organizácie pre prostriedky ES a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu (v príručke na strane 52) . 6. Vytvorenie žiadosti o vstup do záväzku na zdroj ES a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. Funkčná a ekonomická klasifikácia sa použije rovnaká, aká je uvedená v rozpočtovom opatrení z platobnej jednotky, ktorým sa presúvajú výdavky konečnému prijímateľovi.
7. Vytvorenie žiadosti o platbu a prevedenie prostriedkov zo samostatného výdavkového účtu štátnej rozpočtovej organizácie pre prostriedky ES a spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu na primárny výdavkový účet štátnej rozpočtovej organizácie.
8. V informačnom systéme Štátnej pokladnice (IS ŠP) sa uvedená operácia na primárnom výdavkovom účte štátnej rozpočtovej organizácie prejaví ako kreditná operácia s kódom zdroja ES alebo spolufinancovania zo ŠR.
9. Nasledovný postup je zhodný s metodickým usmernením Štátnej pokladnice č. 15/2004. Používateľ IS ŠP otvorí obrazovku pohybov na účte klienta a vyberie záznam príslušnej kreditnej operácie. Následne stačí tlačidlo „Refundácie“ v spodnej časti obrazovky.
10. V systéme ManEx sa otvorí obrazovka Žiadosť o vstup do záväzku – Refundácie a používateľ vyberie záväzok s kódom zdroja 111, ku ktorému sa daná refundácia podľa funkčnej a ekonomickej klasifikácie vzťahuje. Používateľ potvrdí svoju voľbu tlačidlom Pridaj refundáciu.
11. Otvorí sa formulár záväzku. V časti rozpis klasifikácií sa pomocou tlačidla pridaj zadá ekonomická klasifikácia výdavku a suma, ktorá sa na príslušnom výdavku refunduje. Suma sa vkladá s mínusovou hodnotou. 
12. Po ukončení vkladania údajov sa operácia potvrdí tlačidlom Vlož. Refundáciu je možné vykonať len za podmienky, že suma zaplatených záväzkov na príslušnej funkčnej a ekonomickej klasifikácii je vyššia ako suma refundácií. 13. Voľný zostatok na požadovanej funkčnej a ekonomickej klasifikácii je zvýšený. Kontrolu je možné vykonať v obrazovke Rozpočet pre záväzky a platby, kde v našom prípade sa zvýšil voľný zostatok na zdroji 111, funkčnej klasifikácii 10901 a ekonomickej klasifikácii 610. 